Normalerweise wird makedepend in einem Makefile verwendet. Eine passende Regel wird in etwa so aussehen:
SRCS = file1.c file2.c ... CFLAGS = -O -DHACK -I../foo -xyz depend: makedepend -- $(CFLAGS) -- $(SRCS)
makedepend ignoriert alle Optionen, die es nicht kennt (In diesem Fall wird die -I und die -D Option erkannt).
Alle Abhängigkeiten, die von makedepend erkannt wurden, werden in einer von make verständlichen Form an das Ende des Makefiles geschrieben:
# DO NOT DELETE THIS LINE -- make depend depends on it. file1.o: /usr/include/stdio.h /usr/include/standards.h file1.o: /usr/include/sgidefs.h file2.o: /usr/include/stdio.h /usr/include/standards.h file2.o: /usr/include/sgidefs.h /usr/include/stdlib.h